GMP車間凈化工程材料要耐清洗和消毒、無裂縫、表面平整光滑、接口嚴密，不得有顆粒性物質脫落。另外，對某種材料的選用，除了要看該材料能否滿足GMP要求外，還要考慮材料的使用壽命，施工簡便與否，價格來源等各方面。施工的時候有高溫、高濕、臭味和氣體（包括蒸汽及有毒氣體）或粉塵產生（如磨粉工段）的場所不得使用循環風，應有排風和適當的處理，排風應符合相關國家標準的要求。
GMP凈化車間的清潔凈化工程設備凈化原理：氣流超效率空氣處理空調中效率空氣處理風扇空氣供應凈化管道空氣排放口潔凈室除塵(細菌)通風鉗室外空氣、超效率空氣處理。重復以上過程可以達到凈化目的。車間人員和材料進入清潔工廠需要有各自的凈化室和設施，凈化室的設置要求需要符合生產區的清潔水平。人力和材料使用的電梯要分開，電梯要盡量不要安裝在干凈的區域，如果需要安裝，電梯前要安裝空氣閘閥。
GMP車間凈化工程對門窗要求：
潔凈車間（潔凈室）用的門要求平整、光滑、易清潔、造型簡單、不設門檻，并向潔凈度高的方向開啟。宜加閉門器，并有密閉條，以保證空氣流組織和房間壓差控制。潔凈室的門不應采用木質材料，以免發霉、長菌或變形。
潔凈車間（潔凈室）用的窗要求密閉、造型簡單、平整、不易積灰、易于清洗，與內墻面宜平整，不留窗臺（如有窗臺宜成斜角），不應采用木質材料。凡空調區與非空調區之間隔墻上的窗要設雙層窗，其中至少一層為固定窗。
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